Microsoft Authenticator में व्यक्तिगत खाते, जैसे आपका बैंक, अमेज़ॅन या एक व्यक्तिगत Gmail, एक छह-अंकीय कोड जनरेटर संग्रहीत करते हैं। वह जनरेटर ऐप के बैकअप में शामिल होता है और नए फोन पर उपयोग के लिए तैयार होकर वापस आ जाता है।
काम या स्कूल के खाते जानबूझकर अलग बनाए गए हैं। जिस प्रमाण-पत्र से आपका साइन-इन स्वीकृत होता है, वह कभी भी उस फोन से बाहर नहीं जाता जिस पर वह बनाया गया था। बैकअप केवल एक प्लेसहोल्डर के रूप में खाते का नाम ही पुनर्स्थापित करता है, और नए फोन को अपना खुद का प्रमाण-पत्र पाने के लिए एक बार साइन इन करना पड़ता है। ऐप में संग्रहीत पासकी भी फोन से जुड़ी होती हैं, इसलिए वे नए फोन पर फिर से बनाई जाती हैं। यही कारण है कि जो लोग बैकअप को रिस्टोर करते हैं और लाल रंग में "अपना खाता जोड़ने के लिए साइन इन करें" देखते हैं, वे सोचते हैं कि कुछ गलत हो गया है। ऐसा कुछ भी नहीं हुआ है।